土壤寄居菌的種類繁多，主要包括以下幾類：
藻菌綱：這類菌類在通氣良好的酸性土壤中生存，表土層分佈最多，營腐生、寄生或共生生活，可分解糖類、澱粉、纖維素、木質紊、單寧等有機物，參與腐殖質的形成和分解，進行氨化作用和硝化作用，尤其在酸性森林土壤中的有機質轉化中起重要作用。
子囊菌綱：這類菌類在土壤中扮演分解者的角色，可以認爲它們是酸性土壤中特別是森林土壤中的主要分解者。
擔子菌綱：這類菌類在土壤中同樣扮演分解者的角色，可以認爲它們是酸性土壤中特別是森林土壤中的主要分解者。
半知菌綱：這類菌類在土壤中扮演分解者的角色，可以認爲它們是酸性土壤中特別是森林土壤中的主要分解者。
土壤真菌：廣義的土壤真菌還包括森林表土腐朽植物和枯枝落葉層上的真菌。可以認爲真菌是酸性土壤中特別是森林土壤中的主要分解者。
細菌：土壤中的細菌包括自養細菌和異養細菌。自養細菌能直接利用光能或無機物氧化時所釋放的能量，並能同化二氧化碳，進行營養，如硝化細菌、硫黃細菌、硫化細菌、鐵細菌、氫細菌。異養細菌從有機物中獲取能源和碳源。
放線菌：這類菌類在土壤中扮演分解者的角色，可以認爲它們是酸性土壤中特別是森林土壤中的主要分解者。
原生動物：這類菌類在土壤中扮演分解者的角色，可以認爲它們是酸性土壤中特別是森林土壤中的主要分解者。
以上就是土壤寄居菌的主要種類。