土壤微生物在土壤中扮演 著至 關重要的角色，主要功能 包括：
分解有 機 質。土壤微生物能 夠分解植物 殘渣、 動物 糞便等有 機物 質， 釋放出 營 養物 質，如氮、磷、 鉀等，供植物生 長使用， 並形成腐殖 質，改善土壤 結 構。
固定大 氣中的氮素。通 過固氮菌的作用， 將空 氣中的氮 氣 轉化 為植物可利用的形式，提高土壤中的氮素含量。
促 進土壤 養分 轉化。土壤微生物通 過分泌酶和其他代 謝 產物，加速土壤中 養分的 轉化和 釋放，如磷 細菌和 鉀 細菌能分解 礦物 質， 轉化 為植物可利用的形 態。
改善土壤 結 構。通 過代 謝活 動和分泌物， 幫助土壤粒子形成大的 團粒 結 構，提高土壤的保水能力和通 氣性。
生 態平衡 調 節。 與其他生物 體相互作用，形成生 態平衡， 控制有害菌的繁殖，或 與植物共生，提供 營 養和有 機 營 養促 進植物生 長。
降解污染物。能 夠降解有 機化 學污染物如 農 藥、化肥、石油等， 減 輕 對 環境的影 響。
調 節植物生 長。通 過 產生激素、提供 養分等方式促 進植物生 長，增 強作物的抗逆性能。
此外，土壤微生物 還影 響土壤的pH值， 幫助 維持土壤健康的酸 鹼平衡。