基因定位是指確定基因在染色體或遺傳物質上的確切位置，常用的方法包括：
系譜分析法。利用家族成員的表型進行基因定位，特別是對於伴性遺傳基因，如X連鎖遺傳。
體細胞雜交法。通過人類細胞與齧齒類動物細胞的融合，通過分析染色體保留和基因表達來進行基因定位。
核酸分子原位雜交法。利用標記的已知基因mRNA與染色體DNA雜交，以精確確定基因的位置。
家系連鎖分析法。包括Y連鎖遺傳、X連鎖遺傳等，用於分析基因在家系中的傳遞方式。
兩點測驗法。通過三次雜交和測交，分析兩兩基因間的交換率來進行基因定位。
三點測驗法。在一次測驗中考慮三對基因的差異，以確定它們間的距離和排列順序。
利用遺傳標記。如缺失、倒位、單體等進行基因定位。
基因劑量定位法。通過分析基因劑量對錶型的影響來進行定位。
這些方法在不同的生物和遺傳背景下有所應用，有的適用於性染色體，有的適用於常染色體，還有的適用於整個基因組。