基因污染的原因主要包括以下幾個方面：
轉基因作物或家養動物的基因流動。外源基因通過轉基因作物或家養動物擴散到其他栽培作物或自然野生物種，並成為後者基因的一部分。
轉基因作物的自然存活和發育。轉基因作物在自然條件下存活並發育成野生的、雜草化的轉基因植物，這也是基因污染的一種形式。
土壤和動物腸道微生物的作用。土壤微生物或動物腸道微生物吸收轉基因作物後獲得外源基因，這也是基因污染的一個途徑。
標本間交叉污染。標本在收集、處理和存儲過程中可能發生的交叉污染，如容器密封不嚴、吸樣槍污染等。
PCR實驗中的污染。在PCR實驗過程中，可能因為試劑配製、擴增產物處理不當等原因導致污染。
實驗室中克隆質粒的污染。分子生物學實驗室中，克隆質粒的污染也是一個重要的來源，因為克隆質粒在單位容積內含量相當高，具有很強的生命力。
以上這些因素共同導致了基因污染的發生，對原生物種的基因庫造成了非預期或不受控制的影響。