大蒜發芽是一個自然現象，通常不會產生有害物質，因此發芽的大蒜是可以食用的。大蒜在發芽過程中，其營養成分和營養價值可能會發生變化，例如，維生素C的含量可能會增加，同時，發芽的大蒜還含有豐富的硫胺素、核黃素、辣素等，具有消炎殺菌的作用。但是，發芽的大蒜在儲存過程中可能會因為潮濕環境而變質，出現顏色發黑、發黃或發霉的情況，這時會產生有害物質，不宜食用。
如果大蒜僅是發芽而沒有變色、發霉或腐爛，可以繼續食用。但是，如果大蒜髮芽後長出蒜葉，其食用價值可能會下降。此外，發芽的大蒜具有一定的刺激性，因此不建議一次性食用過多，以免對胃黏膜造成刺激。為了減少刺激性，建議將大蒜加熱後食用。如果對大蒜過敏，應避免食用。
儲存大蒜時，應將其放在乾燥通風的地方，以減少發芽的可能性。如果大蒜已經發芽，可以通過剝離發芽部位或泡水處理來準備食用。在準備食用前，應確保大蒜沒有變質或發霉的跡象。