《女神戰記2》的故事主角是一名叫做庫因的青年，他是一位在塞拉摩周邊失去村民尊敬與愛戴的「灰燼使者」，因他英勇無比和富有同情心而使其他生靈免於極端困境的乾渉。他在遠古神器失蹤的地方——卡茲拉克的所在地尋找灰燼，然而故事並非僅限於他一人。在過去被「背叛者」厄祖瑞茲支配的世界中，新的英雄正在涌現。
主角與他召喚的魔物，與各式各樣的夥伴展開一系列的冒險，並在此過程中與各式各樣的強敵對抗。在這個過程中，他們不僅找到了過去失落的神器，也學習到與眾人一同合作的重要性。他們也了解到「戰鬥」和「復仇」都無法解決他們所面對的問題，只有真心的「和解」才能解決一切。
請注意，《女神戰記2》是一個經典的遊戲系列，而這段簡介僅是概括性的描述。遊戲的細節和情感深度通常需要玩家自己去體驗。