奶油乳酪的保存方法有多種，以下是幾種推薦的保存方式：
分裝保存。首先對接觸奶油乳酪的工具和容器進行消毒，戴上手套後將奶油乳酪切成小塊，然後放入自封袋子或真空袋中，儘量排出空氣後封口，寫上備註，這種方式適用於未開封的奶油乳酪。
原包裝保存。如果奶油乳酪仍在其原包裝中，可以在不擰開瓶蓋的情況下，在邊緣剪一個小口倒取所需量的奶油乳酪，然後用夾子夾緊封口，使奶油乳酪貼近冰櫃壁放置，以減少接觸空氣。
多層保鮮膜包裹法。將奶油乳酪用三層保鮮膜包裹，再放入保鮮袋中，儘量排出空氣後放入冰櫃冷藏，這種方式適用於已開封的奶油乳酪。
勺子挖取法。首次使用時，在紙盒的一角挖開一個小口，用乾淨的勺子挖取所需量的奶油乳酪，然後用保鮮膜包裹並放回原包裝盒中冷藏。
包裹後冷藏法。用保鮮膜和錫紙包裹切好的奶油乳酪塊，再放入保鮮袋中，排出空氣後冷藏。
無論哪種方法，都建議在1至2周內食用完畢，以保持最佳風味。