禁用Cookie的方法主要有以下幾種：
通過修改Internet選項。打開Internet Explorer，選擇「工具」選單，然後點擊「Internet選項」。在「隱私」選項卡中，將滑塊調整到較高的隱私級別，如果調至最頂端，則選擇「阻止所有Cookie」，這樣系統會阻止所有網站的Cookie，並且網站無法讀取計算機上已有的Cookie。之後點擊「確定」按鈕。
通過修改註冊表。點擊「開始」選單，再點擊「運行」，在「打開」框中輸入「regedit」，打開「註冊表編輯器」視窗。依次展開「HKEY_LOCAL_MACHINESOFTWAREMicrosoftWindowsCurrentVersionInternet SettingsCacheSpecial PathsCookies」分支，右鍵單擊「Cookies」，然後選擇「刪除」命令。確認刪除後，關閉「註冊表編輯器」視窗。
通過修改保存Cookie的資料夾屬性。在Windows資源管理器中找到保存Cookie的資料夾，如Windows XP中是「C:Documents and Settings用戶名Cookies」，Windows 98中是「C:WindowsCookies」。右鍵點擊該資料夾，選擇「屬性」，在彈出的對話框中選擇「唯讀」複選框，指定此資料夾中的檔案為唯讀屬性。唯讀屬性意味著檔案不能被更改或意外刪除。
此外，還可以通過安裝專門的軟體來清除或管理Cookie。