製作水蜜丸的步驟如下：
煮取藥液。將藥材細粉倒入鍋中，加入適量的水，煮至藥液量為細粉重量的20%。
煉蜜。將蜂蜜倒入鍋中，其量為藥量的80%。邊攪拌邊煮至沸騰，繼續攪拌直至蜜的顏色變深，蜜量減少，達到中蜜狀態。
和面。將藥粉倒入大盆中，分多次加入藥液和蜜的混合物，每次加入後充分攪拌至均勻，直至藥麵團光滑（類似製作麵條的麵團）。
搓丸。將和好的藥麵團趁熱搓成小丸，類似於製作湯圓。
此外，根據藥材的性質不同，藥粉與蜜的比例和煉蜜的程度也有所不同。例如，含糖分、粘液質、膠質較多的藥材細粉使用較低濃度的蜜水作為粘合劑；而含纖維質和礦物質的則使用更高濃度的煉蜜。煉蜜的過程包括武火熬沸後轉文火慢熬，並觀察蜂蜜顏色，直至達到「滴水成珠」的狀態。完成後的水蜜丸可以放置一段時間，讓其充分滋潤並產生適當的粘性，然後進行包裝和儲存。