蜂巢可以通過以下幾種方式食用：
直接嚼服：將蜂巢切割成小塊，每次嚼食約10克，嚼後吐出蠟渣。這種方法可以直接體驗蜂巢的清香甜潤口感，同時具有潤肺和解毒的作用，對消化系統和口腔疾病有治療效果。
製作蜂巢浸膏：將蜂巢撕碎後加水煎煮除蠟，製備成蜂巢浸膏，可以直接內服，或與蜂蜜、蜂膠酊或其他中藥配伍製成蜂巢製劑。
製作蜂巢酊：將蜂巢撕碎後加入食用酒精中浸泡數日，過濾製備成蜂巢酊，可以內服或外用。
焙粉服用：將老巢脾撕碎後用沙鍋文火焙乾，研成細粉，可以用黃酒送服或外用。
泡醋食用：將蜂巢泡入食醋中，具有止咳化痰的功效，並可以延長保質期。可以直接嚼服泡醋後的蜂巢，然後吐渣，或者將巢中的蜜汁擠出與醋調勻後食用。
泡酒食用：將蜂巢放入酒中浸泡，待蜜汁與酒融合後飲用。這種蜜酒口感甜香，具有治療風濕病症的功效。
搭配甜品或冰淇淋：可以將一小塊蜂巢蜜放在甜品或冰淇淋上食用。
在保存蜂巢蜜時，可以將其放在冰櫃的冷藏室中保存約3個月，或者放到冷凍室中保存一兩年不變質。在常溫下保存，由於蜂巢蜜含有蜂蠟和蜂膠，具有殺菌防腐作用，可以保存十到十五天。