孔子的祖先主要是商朝的開國君主商湯，以及商朝忠正的名臣微子啟。
周滅商後，周成王封商紂王的庶兄微子啟於宋，建立了宋國。微子啟死後，其弟微仲繼位，微仲是孔子的先祖。孔子的六代祖叫孔父嘉，是宋國的一位大夫，做過大司馬，後在宮廷內亂中被殺，自此其後代子孫開始以孔為姓。孔子的曾祖父孔防叔為了逃避宋國內亂，從宋國逃到了魯國，從此孔氏在陬邑定居，變成了魯國人。孔子的父親為叔梁紇，是當時魯國有名的武士，叔梁紇先娶妻施氏，生9女，無子。又娶妾，生一子，取名伯尼，又稱孟皮。孟皮腳有毛病，依照當時的禮儀不宜繼嗣，於是又於年輕女子顏徵生孔子。