寶可夢精靈球的使用方法如下：
基本操作。精靈球可以通過藍牙或WIFI與Nintendo Switch主機連接，按一下白鍵可以啓動精靈球，亮起白色燈光，長按白鍵可以喚醒精靈球，並顯示對應寶可夢的顏色燈光，不同的寶可夢在球內會有不同的互動方式，如搖晃精靈球可以發出震動和聲音。
充電和電量查看。精靈球可以通過Type-C接口充電，也可以在主界面通過控制器查看電量，電量不足時，精靈球會發出提示音。
捕捉寶可夢。在《寶可夢》遊戲中，玩家可以使用精靈球捕捉野生寶可夢，戰鬥中削弱寶可夢至一定血量後，使用精靈球捕捉，捕捉成功後，寶可夢會進入精靈球並關閉，如果沒有逃脫則表示成功捕捉。
特殊功能。精靈球還可以作爲計步器使用，帶着寶可夢外出可以記錄步數，精靈球外設還支持“支援模式”，可以查看電池剩餘量、刪除主機上登錄的資訊，或進行精靈球Plus的初期化設置。
此外，精靈球的拋投方式也很有技巧，根據寶可夢的位置，將精靈球移動到屏幕的相應位置，然後逆時針或順時針旋轉，看準時機拋投，距離遠近可以根據拋投的幅度決定。