寶可夢電影系列中的故事主要圍繞著各種寶可夢及其訓練家。以下是一些主要電影的主要故事情節：
1. 《結晶塔之謎》：主要講述了小智和皮卡丘為了拯救因亂開採礦而變得醜陋的寶石寶可夢，挑戰巨大的鑽石城堡的故事。
2. 《立志湖之影》：講述了小智和艾莉絲以及眾多傳說寶可夢，一同阻止由強大對手操縱的巨大能量裝置，拯救被黑暗力量侵蝕的立志湖。
3. 《就決定是你了》：講述小智收服了黑魯加，並讓它進化成烈空坐，烈空坐向城市發出警告，揭示新的危機，小智和同伴們為了拯救空之平息怒火的故事。
4. 《就決定是你了-對戰哈拉爾德》：講述了小智一行人遇到來自城都地區的哈拉爾德和他的寶可夢，兩人在多次較量中都輸給小智，對戰成為羈絆的故事。
這些電影通常都包含了各種驚險刺激的戰鬥和情節曲折的冒險故事，以及展示各種寶可夢獨特個性和能力的場景。這些電影也為觀眾提供了深入了解寶可夢世界的機會，增強了觀眾對寶可夢世界的興趣和熱愛。
如需了解更多信息，建議直接觀看相應電影。