底泥在水域生態系統中扮演著重要角色，具有多種作用，以下是詳細介紹：
底泥可以吸附和沉澱水中的污染物，從而減少水體污染。然而，在特定條件下，底泥中的污染物可能會重新釋放到水體中，造成二次污染。
底泥中的有機物可以分解並釋放營養素，如氮、磷等，為水體中的微藻和其他生物提供營養，促進其生長。這有助於維持水質穩定，但過量的營養素也可能導致水體富營養化。
底泥對水體的pH值和酸鹼度有緩衝作用，有助於維持水體的穩定。
底泥還對水體中的病原菌有抑製作用，有助於維持水質安全。
此外，底泥對養殖業也十分重要，合理厚度的底泥可以為微生物、藻類以及魚類提供豐富的營養和微量元素。