建設單位控制工程成本的方法包括：
全面控制項目成本。確保項目成本的控制涉及項目組織的各個部門，實現全員參與和責任共擔，積極調動員工關心成本和成本控制，通過監督和考覈，以及適當的獎懲措施來確保成本控制。
遵循成本最低化原則。通過合理的管理手段，如成本覈算和控制，降低工程成本，實現目標成本的最低化。
動態控制。在項目實施過程中持續監控成本，及時採取措施糾正成本偏差，確保成本控制的有效性。
統一領導和分級歸口管理。正確處理項目內部關係，將成本控制目標分解到各個部門、層級和崗位，明確各級人員的權限和責任。
對外開源和內部成本控制。對外開源包括根據施工圖紙、招投標文件等精確計算工程量，內部成本控制則涉及對材料損耗的控制、施工班組的管理等。
事前計劃和準備。在項目開始前進行詳細的計劃和準備，包括工程量清單的編制和審查投標單位的報價等。
經濟效益原則。在保證產品質量的前提下降低成本，提高經濟效益。
責權利相結合。賦予項目經理部各部門和人員在成本控制中的責任和權利，確保成本控制的有效性。
通過上述方法，建設單位可以有效控制和降低工程成本，提高項目的經濟效益。