引物合成的基本原理涉及使用固相亞磷醯胺三酯法，這種方法高效、快速，並且起始反應物穩定。以下是引物合成的詳細步驟：
保護基團的去除：首先，將預先連線在固相載體CPG上的活性基團被保護的核苷酸與三氯乙酸反應，脫去其5′-羥基的保護基團DMT，獲得游離的5′-羥基。
核苷酸單體的活化：合成DNA的原料，即亞磷醯胺保護核苷酸單體，與活化劑四氮唑混合，得到核苷亞磷酸活化中間體。這箇中間體的3'端被活化，5'-羥基仍然被DMT保護，然後與溶液中游離的5'-羥基發生縮合反應。
帶帽反應：在縮合反應中，可能有極少數5'-羥基沒有參加反應（少於2%），使用乙酸酐和1-甲基咪唑終止這些未參與反應的5'-羥基，以防止它們繼續參與反應。這種短片段可以在純化時被分離掉。
氧化反應：在氧化劑碘的作用下，亞磷醯形式轉變為更穩定的磷酸三酯，從而使DNA磷酸骨架更穩定。
重複以上步驟，直到所有要求合成的鹼基被接上去。合成過程中可以通過觀察TCA處理階段的顏色來判定合成效率。最後，通過氨水高溫處理，連線在CPG上的引物被切下來，並通過OPC、PAGE等手段純化引物。成品引物用C18濃縮、脫鹽，沉澱後的引物用水懸浮，測定OD260定量，根據定單要求分裝。
通過這種方式，可以精確地合成出所需序列的DNA或RNA引物，這些引物在PCR（聚合酶鏈反應）等分子生物學技術中發揮著至關重要的作用。