微生物拮抗作用是指一種微生物在其生命活動中產生某種代謝產物或改變環境條件，從而抑制其他微生物的生長繁殖，甚至殺死其他微生物的現象。這種拮抗作用可以是特異性的，如產生抗生素的微生物能夠抑制甚至殺死其他微生物，或者非特異性的，如乳酸桿菌產生大量乳酸導致環境變酸，抑制其他微生物的生長。
拮抗微生物的種類繁多，包括細菌、真菌、放線菌等，它們可以通過產生抗菌物質、競爭營養、誘導植物抗病性等途徑來抑制病原菌的生長和繁殖。例如，拮抗酵母菌可以抑制果蔬病害，淡紫擬青黴可以抑制線蟲繁殖，螢光假單胞菌可以誘導植物抗病性。
微生物拮抗作用在自然界和農業套用中扮演著重要角色，可用於生物防治、改善土壤環境、增強作物的抗病能力、減少化學農藥的使用、降低環境污染、提高農產品的品質和附加值。