微生物染色方法多樣，主要用於觀察和分類微生物，常用的染色方法包括：
HE染色。組織學、胚胎學、病理學教學與科研中的基本技術，適用於多種細胞和組織的染色。
TTC染色。使用TTC和活細胞線粒體內的琥珀酸脫氫酶反應，生成紅色甲月贊，表示細胞活力。
革蘭氏染色。區分革蘭氏陽性菌和陰性菌，通過用結晶紫初染、碘液媒染、酒精脫色、蕃紅復染四個步驟。
抗酸染色。用於鑑別抗酸性細菌，如結核菌和痳瘋桿菌，使用石炭酸復紅溶液、酸性酒精溶液、呂氏美藍溶液等。
芽孢染色。特殊方法用於觀察產生內孢子的細菌，如孔雀綠染色法和石炭酸復紅染色法。
螢光染色、鞭毛染色、墨汁莢膜染色等。用於觀察微生物的特定結構或特性。
六胺銀染色、瑞氏染色、瑞氏-吉姆薩複合染色等。用於不同類型微生物的染色。
這些方法基於不同的染料和步驟，適用於不同類型的微生物和觀察目的。