微生物的控制方法主要包括以下幾種：
乾熱滅菌法。此方法通過高溫乾燥條件殺死微生物。一般細菌的繁殖體在80至100℃下1小時可被殺死，而芽胞則需在160至170℃下2小時才能被殺死。乾熱滅菌法包括灼燒法、焚燒法、乾烤法等。
濕熱滅菌法。相比於乾熱滅菌，濕熱滅菌更有效。多數細菌和真菌的營養細胞在60℃左右處理5至10分鐘後即可被殺死，真菌的孢子稍耐熱，需在80℃以上的溫度才能被殺死。細菌的芽胞最耐熱，一般要在120℃下處理15分鐘才能被殺死。濕熱滅菌法包括巴氏消毒法、煮沸法、流通蒸汽消毒法、間歇滅菌法、常規高壓蒸汽滅菌法等。
紫外線照射。紫外線波長在200至300nm範圍內具有殺菌作用，其中265至266nm波長的紫外線殺菌力最強。紫外線能被核酸、嘌呤、嘧啶和蛋白質等物質吸收，核酸的最大吸收峰在265nm。
化學手段。使用化學消毒劑或防腐劑殺死或抑制微生物的生長。
物理手段。包括低溫、缺氧、乾燥、高滲、高酸度等方法，這些方法可以通過降低環境中的溫度、氧氣濃度、水分活度等物理因素來控制微生物的生長。
從源頭控制。通過清潔、降低溫度、控制環境等方式減少或去除微生物。在加工、運輸、貯藏過程中防止微生物對食品的污染，如對設備、環境進行清潔消毒，噴灑專業試劑等。
以上方法的選擇和套用應根據具體情況和目標進行調整，以確保有效控制微生物的同時不損害物品的使用價值或食品的品質。