根據提供的信息，忍者最好的武器取決於戰鬥場景和忍者的技能。以下是一些被認為是非常強大或具有特殊能力的武器：
焰團扇：宇智波家族世代相傳的神器，能夠利用風遁控制火遁忍術，具有宇智波反彈能力，能將對方的忍術攻擊反彈回去。
八坂之勾玉：火影中的最強武器之一，須佐能乎的第二形態下使用，能夠投擲出形狀類似血輪眼的勾玉，具有強大的攻擊力。
十拳劍：宇智波鼬開啟須佐能乎後使用的神器，被刺中的目標會被帶到幻術世界，並擁有永久封印的力量。
求道玉：六道仙人的神器，施術者掌握六道之力後使用，可以自由變換成各種武器，包含森羅萬象之力。
鳴人嘴遁：火影世界的最強武器，能夠影響他人的意志，甚至改變戰鬥的結果。
雷神劍：木葉忍者村的二代火影所用的貼身配劍，擁有無窮的雷之力量，配合「飛雷神」號稱無敵。
如意棒：三代火影使用的金剛不壞之軀，可變身為多根金剛如意棒，結合忍術使用。
手裏劍：常見的短距離攻擊武器，塗有劇毒，增加了殺傷力。
忍刀：多功能工具，可用於翻牆、藏毒等，刀鋒鈍化以減少傷害。
忍杖：處理過的竹子兩端包銅，用於打擊對手的穴道。
綜上所述，忍者最好的武器並不是單一的，而是根據不同情況和忍者的技能選擇最合適的武器。上述列出的武器各有特點，能夠適應不同的戰鬥需求。