捻佛珠的方法主要有以下幾種：
通用捻佛珠方法：將念珠展開，右手四指下托，念佛或持咒時，從母珠(最大的那一粒)旁的第一珠起，母指下掐，一句一珠，或一咒一珠，掐珠到母時，即刻由左向內轉過頭來，再從母恭旁的第一珠掐起，不要跨越或直掐而過母珠。
《軍荼利儀軌》的方法：以右手大指捻頭指，當心撥珠，餘三指散直(這是佛部的「說法印」，亦名「持名印」，這裡則為「念誦印」)。左手引珠，右手持珠，如轉法輪狀。
《無量壽儀軌》的方法：二手當心，各聚五指，如未敷蓮花左手持念珠，以右手大指無名指移珠，誦至最後一字移一珠。
其他方法：將佛珠置於兩手之間，呈交叉狀，把母珠放在一側，掐捻一周，回至原處即可。
以上方法可以根據個人的習慣和修行的方式選擇使用。