《戰旗》講述了一個特殊時期的歷史人物李劍鳴在抗戰時期的英勇事跡。他本是國民黨軍統人員，在重慶執行任務時被捕，並利用自己的聰明才智成功逃脫。後來，他來到陝北公學學習，逐漸轉變了思想，成為了一名共產黨的抗日愛國志士。在敵後戰場，他利用自己的特殊身份和豐富經驗，為抗日戰爭的勝利做出了貢獻。
在劇中，李劍鳴與國民黨派遣的郭子健和共產黨派遣的周靜波之間都產生了感情糾葛。郭子健最終成為了李劍鳴的生死之交，而周靜波則成為了他一生的摯愛。
總的來說，《戰旗》講述了一個軍統特工在抗戰時期的成長曆程，通過他的經歷展現了那個特殊時期的歷史背景和人物命運。