《戰神3》的劇情故事大致為：在完成最後一場聖戰後，奎托斯終於得到了最後一個神劍的碎片，然而當他準備打造一把全新的劍時，碎片卻突然消失。為了尋找真相，奎托斯展開尋找神劍碎片的旅程，並且面對由於戰神眾神明的嫉妒與誤會而引起的一場場神與神、神與凡人間的神話級戰爭。
這次奎托斯將獨自面對眾神明以及他們的戰士，他將面對敵人的憤怒攻擊、被操控的影子戰士，甚至要面對親手將自己的兒子從天空丟下摔死的仇人。這場與眾神的決戰將將他帶到了一個全新的世界，這個世界裡充斥著可怕的妖怪和超自然的怪物。
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