抽水馬桶的沖水方式取決於是否爲自動馬桶。對於普通抽水馬桶，沖水的基本步驟通常包括：
按下馬桶蓋上的沖水按鈕。這時，水箱開始注水，當水位達到一定高度時，水箱內的浮球上升，觸發水泵開關，水泵開始抽水。
水箱底部的止回閥打開，水流向馬桶座圈。當感應器感知到使用者已經離開座圈時，水泵停止抽水，同時沖水閥打開，水流從馬桶底部噴出，完成沖水。
對於自動馬桶，常見的沖水方式包括：
離座自動沖水。人離開馬桶坐墊後，馬桶會自動沖水。
腳踢式沖水。通過踢動馬桶外側的感應區域來觸發沖水。
無線遙控沖水。使用放置在牆上的遙控器上的按鈕來控制沖水。
側按沖水。在馬桶側邊有一排按鈕，其中包括專門的沖水按鈕。
停電衝水。應急功能，使用手動的機械按鈕進行沖水。
手機APP沖水。通過智能馬桶專用APP來控制沖水功能。
語音操控沖水。與智能家居系統結合，通過語音命令來控制沖水。
對於側按式或遙控器操作的自動馬桶，操作方式如下：
側按式。輕輕一按側邊的按鈕即可啓動沖洗。
遙控器。先使用方向鍵選擇想要的沖洗模式，然後按下“flush”鍵開始沖洗。