拜媽祖的流程主要包括以下幾個步驟：
取三炷香，兩手拿香，點燃後，香頭朝上，輕輕抖滅火光。
持香時，右手在內，左手在外。進香時，將三支香舉於齊眉，俯首低頭，雙眼微閉，握穩香支，心中默唸，呼神尊名號，再報自己的姓名、生辰八字、地址和祈求事項。
插香時，右手拈香，左手插香，先敬天再敬地，最後敬神明。
進入寢殿敬拜時，應遵循“右進左出，右內左外”的原則，即先從右偏門進殿。
跪拜禮。行完進香禮後，對媽祖行三跪九叩禮。拭去灰塵，雙手合掌對媽祖表示尊敬。手掌打開畫圓，代表捧着我的心來敬媽祖。下跪一次磕三個頭，一共要下跪三次磕九個頭。三跪九叩是清代沿用至今的向媽祖所行的最高規格的禮儀。
這些步驟體現了對媽祖的尊敬和敬意。拜祭媽祖時，信徒們通常會選擇在媽祖誕辰（農曆三月廿三）、羽化昇天日（農曆九月初九）以及媽祖文化旅遊節等重大節慶時期進行朝拜。