摩尼珠的修行方法主要包括以下幾個方面：
身密。涉及打坐的姿勢和手印。打坐時，可以採用盤坐的姿勢，如散盤、單盤和雙盤，每種姿勢產生不同的能量。例如，散盤產生二級能量，雙盤產生四級能量。同時，手印作為宇宙符號，可以產生特定的作用。打坐時，身體應保持正直，面帶微笑，全身放鬆。
口密。主要是念咒語，這些咒語是特定的宇宙音符，如「唵、啊、吽」，可以產生不同的作用。念咒時可以出聲或默念。
意密。指意念和觀想。在打坐念咒的同時，將意念集中在身體的某個部位，如海底輪、生殖輪等，最後達到頂輪。同時，可以觀想與自己相應的尊師或佛像。
念珠的使用。念珠在掛在脖子上或牆上時應將佛塔向上。避免用不潔淨的手觸摸念珠。在計數時，應不間斷地循環計數，避免將念珠翻轉後計數。持念時，念珠應在腰部以上位置，嚴肅鄭重地計數。
這些方法綜合了身體、口部和意念的修煉，旨在通過不同的儀式和冥想來達到精神和身體的和諧統一。