支付中心的主要職能包括：
負責財政資金的收付、監督和管理工作。
執行國庫集中支付制度，涉及國家財政資金的代理支付、結算和清理。
集中管理財政資金，提高資金使用效率並降低財務風險。
監督和審計財政資金的使用情況，確保合規性和透明度。
審核、辦理相關財政國庫支付業務，並依法監督預算單位的財務收支活動。
管理預算單位支付信息，提供財務信息及預算執行分析報告。
負責會計檔案和信息系統的管理、維護。
此外，支付中心還可能參與財政總預算會計制度的改革試點、決算批覆、總會計核算等工作。這些職能旨在確保財政資金的正確使用和高效管理，以及促進財政管理的現代化和規範化。