文控中心的檔案管理流程主要包括幾個關鍵步驟：
檔案編制流程。這個階段開始於各個部門提交的檔案資料，文控中心負責確認檔案的格式，並確保檔案符合規範性和技術性要求。檔案編制完成後，需要先傳送到文控中心進行格式確認。接著，各部門負責人會審查檔案的可操作性和技術性，管理者代表則負責核準檔案的授權性。檔案經過這些步驟後，會被文控中心登記在《檔案控制台賬》上。
檔案變更流程。當檔案需要變更時，相關部門需填寫《檔案更改申請單》，並由文控中心確認變更及其處理方式。審批通過後，舊版本檔案會被回收，新版本則會根據分發範圍進行分發，並記錄在《檔案回收發放台賬》上。
檔案借閱流程。當需要借閱檔案時，相關人員需填寫《檔案借閱申請單》，並獲得檔案所在部門負責人的批準。借閱的檔案需要在《檔案借閱登記表》上進行登記，並在歸還時記錄歸還日期。如果檔案未能按時歸還，將會有強制回收的措施。
檔案丟失/破損控制流程。一旦檔案丟失或破損，需要分配新的發放號並做好記錄。相關人員需填寫相應的申請表，並獲得批準，以確保檔案的完整性和安全性。
檔案的識別及分類。文控人員需要對各部門遞交的檔案資料進行準確識別，確定其類別及存放位置。這需要對各部門流程及檔案情況有詳細了解。對於與外部單位或個人有關聯的檔案，還需要確定額外的流程，並進行相應的工作分配和安排。
這些步驟共同構成了文控中心檔案管理的完整流程，確保了檔案的編制、變更、借閱以及丟失/破損控制等各個環節得到有效管理。