喀什地區
新疆是中國最大的棉花產區，其棉花種植面積和產量均居全國首位。根據提供的信息，新疆棉花的主要產區包括：
喀什地區：新疆喀什地區是中國最重要的棉花產區之一，年均種植面積達到500萬畝以上。其中，莎車縣是棉花種植最為發達的地方，年均產量超過40萬噸。喀什地區的棉花產量占全國的20%以上，並出口到世界各地。
巴音郭楞蒙古自治州（巴州地區）：巴州地區是新疆的棉花主產區之一，位於塔里木盆地的北緣，是新疆境內最大的棉花生產基地之一。巴州地區的棉花種植占據了很大的比重，其棉花品質優異，長絨棉占比高。
昌吉州瑪納斯縣：瑪納斯縣是新疆的重要棉花產區，南靠天山山脈，土壤肥沃、光熱水土資源豐富，適宜種植棉花。2023年，新疆棉花預計產量在500萬噸以上，瑪納斯縣作為國家級優質商品棉生產基地，對新疆乃至全國的棉花產量有重要貢獻。
綜上所述，新疆棉花最多的地區是喀什地區，特別是莎車縣，其次是巴州地區的巴音郭楞蒙古自治州和昌吉州的瑪納斯縣。這些地區因其得天獨厚的自然條件、適宜的氣候和環境，成為新疆棉花生產的重要基地。