日本的主要航空公司包括：
日本航空公司（Japan Airlines，簡稱JAL）：
成立於1951年，總部位於東京。
是全球星空聯盟（OneWorld Alliance）的成員之一。
擁有國際和國內航線網路，覆蓋亞洲、歐洲、北美洲、南美洲、大洋洲和非洲等地。
曾是全球最早採用波音747客機的航空公司之一，並一度是世界上最大的波音747操作者。
擁有大量的空客和波音飛機，以及部分由三菱重工業生產的MRJ系列飛機。
全日本空輸（ANA，All Nippon Airways）：
簡稱全日空，以優質服務著稱。
是亞洲最大的航空公司之一。
屬於「星空聯盟」航空聯盟成員之一。
這兩家公司是日本乃至整個亞洲規模最大的航空公司之一，均是世界500強企業。