日本的城市包括但不限於以下這些：
東京：日本首都，是日本的政治、經濟、文化、交通等衆多領域的中心，也是世界級的超級大都市。
大阪：日本第二大城市，重要的港口和經濟中心，也是松下、大和房建、關西電力等世界500強總部所在地。
橫濱：神奈川縣首府，國際貿易中心，屬於東京都市圈，是世界最繁忙的港口之一。
名古屋：愛知縣首府，名古屋都市圈中心城市，日本中部工商業中心、交通樞紐。
札幌：北海道首府，北海道的工商業中心城市，風光優美，獨具魅力。
福岡：福岡縣首府，位於九州島北部，是九州地區的第一大城、區域中心。
神戶：兵庫縣首府、重要港口，京阪神都市圈的主要城市。
京都：內陸大城市，商業繁榮、資源豐富、輕工業發達。
川崎：神奈川縣的重要工業中心城市，富士通總部所在地。
廣島：廣島縣首府，曾遭受過毀滅性破壞，如今宣揚和平是這座城市的主旋律。
以上列出的城市是日本較爲著名和重要的一些城市，但日本共有47個都道府縣，包括一箇道（北海道），每個縣都有一箇行政中心城市，這些城市雖然不如上述城市知名，也是日本城市的重要組成部分。