日本歷史上的著名忍者包括：
山中俊房。活動於1559年至？，被稱為「大和守」。他是甲賀五十三家中最有勢力的上忍之一，山中家的當主。在加賀忍者中地位顯赫，族人中有很多人在六角家擔任要職。六角滅亡後，他先後從屬於織田家與豐臣家，擅長諜報活動。
猿飛佐助。戰國時代非常有名的忍者，真田十勇士之首。他本是居住在信州鳥居峠的山林中的隱士鷲尾左太夫之子，後成為甲賀流忍術高手戶澤白雲齋的弟子。十五歲時在鳥居峠狩獵時遇到真田幸村，之後成為其家臣。
加藤段藏。戰國時期最為出名的異能力忍者之一。他先服務於上杉謙信，後逃離並改投武田信玄麾下軍師山本勘助。
百地丹波守。伊賀豪族百地家的領主，本名正西，又名百地丹波、百地三太夫。他是伊賀流忍術創始人，被稱為伊賀「三上忍」之一的百地家忍者的領導者。
服部半藏。支撐德川家的「影之軍團」頭領。服部家被廣傳為日本著名忍派「伊賀流忍術」的開門宗族。在戰國時代，有近200名以上的精英忍者都加入德川家「影之軍團」，為德川家康最終平定日本開創幕府盛世建下豐功。
風魔小太郎。暴徒盜匪集團「風魔黨」的頭領。以小田原城為據點的北條氏僱傭的忍者集團「風魔黨」實際上是各種山賊、海賊和強盜組成的暴徒集團，能夠統領這樣的部下的風魔小太郎其能力也可想而知。
這些忍者不僅以其超凡的忍術技能著稱，還在日本歷史上的重要事件中扮演了關鍵角色。