《最終幻想10》的故事發生在被一個巨型水晶所支配的幻想世界中，主要講述了主角埃克萊爾和馬克斯從相逢到相識，最終為了拯救世界展開冒險的故事。
埃克萊爾是一個背負著悲劇命運的少女，而馬克斯則是一名普通的青年，他在旅途中逐漸成長為了一個英雄。在故事中，圍繞著異次元之門的場景設計，使得遊戲的戰鬥系統進一步豐富。戰鬥中隱藏要素很多，例如利用符咒、角色站位等造成各種連鎖傷害，或是根據戰略利用地形進行群體攻擊等。
此外，故事中還涉及到了信仰、愛情、友情等主題，以及對於人類與自然、科技與魔法之間關係的探討。最終，埃克萊爾和馬克斯成功擊敗了邪惡勢力，拯救了世界。整個故事充滿了浪漫主義色彩，同時也展現出了遊戲製作組對於劇情和角色塑造的用心。