木笛的指法主要分為兩種類型，德式和巴洛克式（英式），這裡主要介紹巴洛克式指法，因為它是木笛演奏中更常用的類型。以下是具體的指法說明：
持笛姿勢。左手在上，右手在下，左手拇指放在笛身的背面，不按任何孔，其他手指依次按住從下往數的第1、2、3孔，右手小指不使用，其他手指依次按住第4、5、6、7孔。
吹奏口型。嘴唇微微向前凸起，形成一個小圓形，通過嘴唇中央的小圓形吹氣，這種口型有助於產生清晰、純淨的音色。
指法。
吹奏低音區時，手指應輕輕按壓孔邊，確保孔完全封閉，避免漏氣。
吹奏中音和高音區時，手指動作要迅速而準確。
特定的音符可以通過組合不同的孔來實現，例如，吹奏低音5時，所有孔都按住；而吹奏低音6時，只打開第一孔。
練習時，可以從簡單的樂曲開始，逐漸提高難度。同時，要注意呼吸的控制和口型的調整，以獲得最佳的音色和音量。定期清潔和保養笛子，保持其良好的工作狀態也是提高演奏質量的關鍵。