柯南故事線是按照日本漫畫家青山剛昌的偵探漫畫《名偵探柯南》的情節展開的，主要分為以下幾個部分：
* 柯南劇場版系列。該系列以柯南解決各種案件的故事為原型，通過動畫電影的形式呈現。
* 主線劇情。主要講述柯南解決發生在東京的種種謎案，同時柯南的真實身份和黑衣組織之間的衝突也慢慢浮出水面。
* 特別篇。主要是圍繞一些日常發生的案件展開的故事，內容相對輕鬆。
* 日常篇。主要是描述小學生的日常生活和學習，雖然有些冒險的部分，但主要目的是展示他們的友情和成長。
此外，還有一些零散的故事線，如柯南周邊的故事等。這些故事線共同構成了整個故事世界，給讀者帶來了精彩紛呈的偵探故事。