《棋魂》漫畫版結局如下：
佐為消失。在逐漸流淌的時光里，佐為意識到自己的時間不多了，也意識到小光棋藝的巨大進步，自己能教小光的不多了。之後，在一個清晨里，佐為懇求著與小光下棋，但棋還未下完，佐為就消失了。
小光重新振作。在那之後，小光消沉了一段時間，最終在朋友的幫助下，再次從圍棋中感受到了佐為的存在，對圍棋重新燃起熱情。小光和佐為的最後一次見面，是在一個夢境裡。在夢境中，小光見到了佐為，佐為把摺扇送給了小光。
此外，漫畫中其他人物的結局是：洪河（和谷義高）在北斗杯選拔賽輸給了越智，但是被越智激勵認清了自己的缺點，最終和阿光、阿亮、慎一郎、越智一起成為圍棋界的"新浪潮"。