止水槽的作用根據不同的套用場景有所不同：
在土木工程中，止水槽是一種壩基防滲設施，用於截斷砂礫石透水層，控制滲流，防止地基滲透變形。它是一種垂直防滲設施，能有效截斷壩下地基的滲流，對下臥基岩進行防滲處理，施工簡易，造價較低。當砂礫石地基厚度小於15m時，宜採用截水槽；當砂礫石地基厚度過大時，由於開挖困難且邊坡在滲流作用下難以穩定，宜採用其他防滲設施。
在家居裝修中，止水槽分為前擋水和後擋水。後擋水靠牆，主要是為了避免水順著櫥櫃和牆壁的縫隙滲水，時間長了後引起牆體受潮發霉藏污納垢等。前擋水則是為了防止水往外流到櫥櫃和地上。
在廚房台面設計中，止水槽用來防止水珠滴到門板上，水滴流到台面下面時到止水槽那裡就自動停止了，就不會繼續往台面更裡面流了。
在水產養殖中，止水板（可能被誤稱為止水槽）是用於防止水流溢出，控制水位。它還用於防止池底泥淤、防止池邊侵蝕、使水質得到良好的充氧及保持水位的穩定，從而維持設計要求的水產養殖、景觀、游泳等基礎設施正常運行。