清洗比色皿時應遵循以下步驟和方法：
初步清洗。倒掉比色皿中的液體，如果內壁有殘留物，先用大量的自來水沖洗乾淨。
浸泡清洗。使用中性洗滌劑或洗碗液在溫水中浸泡比色皿，如果污漬難以去除，可用軟毛刷或海綿輕輕擦洗比色皿的內外壁。對於頑固污漬或化學物質殘留，可用稀釋的酸性或鹼性清潔劑清洗，按照說明操作。清洗後，用清水徹底沖洗乾淨。
漂洗。用純淨水漂洗比色皿，確保無殘留洗滌劑或化學物質。
乾燥。用乾淨的紙巾或潔淨的布輕輕擦乾比色皿，儘量避免使用毛巾或紗布，以免留下纖維殘留。
此外，比色皿的清洗和存放應注意保護其光學性能，避免使用可能損害表面的清潔劑或方法。清洗後的比色皿應倒置在乾淨的地方自然晾乾，避免使用熱風吹乾。