氟化合物主要包括以下幾類：
全氟化合物。這類化合物中碳原子上的氫原子全部被氟原子取代，如全氟羧酸和全氟磺酸，其中全氟辛酸和全氟鋅基磺酸是兩種受到廣泛關注的全氟化合物，具有疏水疏油的特性，應用於紡織、食品包裝、不粘鍋塗層、電子產品等領域。
含氟烷烴。以氟利昂爲代表，包括氟化的甲烷和乙烷，可能含氯或溴，這類化合物多爲氣體或低沸點液體，化學穩定，耐熱，低毒，用作製冷劑、噴霧劑等。
含氟烯烴和含氟芳烴。分別以四氟乙烯、偏氟乙烯和三氟氯乙烯等爲代表，這些化合物可以用於合成多種含氟高分子。
含氟羧酸。含氟羧酸可以進行一般羧酸的各種轉化反應，全氟羧酸爲強有機酸，長鏈的全氟羧酸及其鹽類是優良的表面活性劑。
無機氟化物。包括氟化氫、氟化鋁、冰晶石、氟化銨等，無機氟化物廣泛應用於工業生產，如作爲催化劑、蝕刻劑、助熔劑等。
此外，還有全氟丙烷、三氟甲烷、四氟化硫、三氟化氯等氣態氟化物，以及氟橡膠等含氟彈性體。這些化合物因其獨特的物理化學性質，被用於從藥物化學到材料科學等多箇科學領域。