水培娃娃菜的方法主要包括以下步驟：
浸泡種子。使用溫水浸泡蘿蔔種子約2~4天，直到種子萌芽。
育苗。將衛生紙浸濕，放置泡好的種子，然後覆蓋上一層衛生紙，等待種子發芽後，可以進行移植。
水培。將水培瓶裝上水，滴入適量的營養液，將發芽的種子放置在水培瓶中，加入好看的海綿寶寶作為裝飾。在接下來的幾天內，讓幼苗在陰暗的地方生長，然後再逐漸轉移到陽光下。
放置與養護。將娃娃菜的根部浸入水中（注意只要根部浸泡就可以了），可以使用竹籤固定根部，避免其浮起來。在水培過程中，娃娃菜會長出葉子，髮根完成後就可以移栽到土裡，整個過程大約需要2周時間。
此外，在水培過程中，需要放在通風、陽光不能直射的地方。每天噴3到4次水，直至採收。