水妖精的清洗主要是針對其內部的黑色生化棉進行清潔，因為生化棉會吸附魚糞、食物殘渣以及一些雜質，這些都需要定期清理以維持水質。
一般情況下，如果魚缸內有魚，清洗水妖精時應使用原缸水，以免對魚造成不必要的壓力。如果魚缸內沒有魚，可以使用自來水或原缸水進行清洗。清洗時，應將水妖精拆開，取出黑色生化棉，用清水反覆清洗，去除其中的髒物和硝化細菌，不需要將生化棉洗得過於乾淨，以免破壞其上的硝化細菌。
此外，如果水妖精使用時間較長或已經堵塞嚴重，可以採取抽底換水的方法，使用水管吸附濾棉上的雜物，以減輕水妖精的負擔。