製作水晶肥皂的方法有多種，以下是一種常見的製作步驟：
準備材料。水晶肥皂基、色劑（如色素水、天然精油或高純度香精）、添加物（如萃取液、基礎油）和模具。
切削皂基。將水晶肥皂基刨成絲狀或切削成薄片，這樣可以使皂基更快融化。
加熱融化皂基。可以通過隔水加熱或使用微波爐加熱皂基，隔水加熱可以防止皂基燒焦，而微波爐加熱則更快。
添加成分。在皂基融化後，可以添加色劑、香精或其他添加劑來增加水晶肥皂的多樣性和吸引力，添加時應避免產生太多泡泡。
倒入模具。將皂液慢慢倒入選擇的模具中，等待凝固。凝固時間取決於環境溫度，夏天大約需要50分鐘，冬天或冷氣房中則需要約30分鐘。
包裝。肥皂凝固後，可以用保鮮膜、油蠟紙或花紋塑膠袋等材料進行包裝，以增加美感並延長儲存期限。
除了上述方法外，還有使用溶劑法和機製法製作水晶肥皂的方法，這些方法適用於工業化生產。溶劑法是通過在乙醇水溶液中煮沸皂化，然後加入透明劑製成；機製法則是通過急冷皂基並多次碾磨來製作。這些方法適用於大規模生產，而家庭製作則多採用上述簡單方法。