使用水溶肥料時，應注意以下幾點：
選擇合適的水溶肥料。根據作物種類和生長階段選擇合適的肥料，例如，果蔬類作物在掛果期需要較多的磷鉀肥，而在生長期則側重於氮肥。
溶解與稀釋。水溶肥料在施用前必須充分溶解在水中，並保持均勻攪拌，避免局部濃度過高造成燒苗。一般來說，水溶肥的施用濃度依據具體產品推薦值調整，過濃或過淡都不利於作物吸收。建議採用二次稀釋法，即先將肥料倒入少量水中溶解，再加入足夠灌溉用水攪拌均勻。
灌溉施用。水溶肥料適用於滴灌、噴灌等多種灌溉方式。滴灌系統能精確控制養分到達作物根部，減少浪費；噴灌則適用於大面積農田，通過霧化水肥混合液，提高作物葉片對養分的吸收。
施用頻率與時機。水溶肥料施用頻率不宜過於頻繁，以免造成土壤溶液濃度過高，反而抑製作物對養分的吸收。一般可根據作物生長週期和肥料特性，制定合理的施肥計劃。施肥時間應選在早晨十點鐘之前，下午四點鐘以後，避免在陽光強射下施肥。
單獨使用或混配試驗。水溶肥料最好單獨使用。如果需要與農藥混配使用時，先取少量水溶肥做混配試驗，看看有沒有沉澱物產生，以避免金屬離子之間發生反應從而產生沉澱。
避免在不良天氣施肥。在陰雨天氣或霧天不要施用水溶肥，因爲這些天氣容易造成肥料被雨水沖走或霧化，不僅浪費肥料而且還達不到預期效果。
少量多次施用。水溶肥料的特點是速效性強，適合作物根系不間斷吸收養分的特點。因此，建議採取少量多次的施用方式。