永琪怎麼死的，可以分爲歷史和電視劇兩種情況：
在歷史上，永琪是因病去世。他一直被“附骨疽”這種病所困擾，且病情逐漸加重。附骨疽即現在的化膿性骨髓炎，當時醫術有限，難以治癒。據太醫院記載，永琪病重時曾大量服用人蔘，但病情未見好轉，反而日漸加重，最終辭世。永琪的治療方法可能有欠妥之處，如用藥過量等，這也可能是導致他病情惡化的原因之一。
在電視劇《如懿傳》中，永琪是被衛嬿婉設計陷害，得了附骨疽之症而死。劇中永琪被心愛的芸角所害，身中劇毒，最終病入膏肓，英年早逝。
無論是歷史還是電視劇，永琪的死都與附骨疽有關，但具體死因和情節有所不同。歷史上的永琪是因病去世，而電視劇中的永琪則是被陷害致死。