河水污染治理的方法多種多樣，主要包括物理方法、化學方法和生物方法。具體如下：
物理方法。疏挖底泥、機械除藻、引水沖淤和調水等，如疏浚污染底泥意味著將污染物從系統中清除出去，可以較大程度地削減底泥對上覆水體的污染貢獻率，從而改善水質。調水是通過引入清潔水源來改善下游污染河道水質的方法。
化學方法。包括混凝沉澱、加入化學藥劑殺藻、加入鐵鹽促進磷的沉澱、加入石灰脫氮等。這些方法對濁度去除效果較好，對重金屬等也有一定的去除效果，但可能造成二次污染。
生物方法。包括生物接觸氧化、生態修復等。生物接觸氧化工藝通過在天然河床或人工填充濾料上附著的生物膜去除河水中的污染物。生態修復則是利用生態系統原理修復受損的水體生態系統，恢復河流中生態群體及結構，常見的有生態濕地技術，可以提高河水的自淨能力。
在實際套用中，這些方法常常結合使用，以達到更好的治理效果。例如，物理方法和化學方法可以快速改善水質，而生物方法則更注重長期生態系統的恢復和維持。