《深宮諜影》講述了康熙晚期因太子之位而產生動亂，導致朝廷與後宮之間腥風血雨的故事。故事主線圍繞太子之位引發的一系列宮廷爭鬥，涉及到朝廷、後宮、權貴之間錯綜複雜的關係，以及真假太子的真假身份所引發的連場激戰。同時，這個故事也描繪了康熙、孝莊、主角蘇沫兒與三皇子之間恩怨情仇的親情關係。最終，蘇沫兒通過智慧和勇氣解決了紛爭，穩定了局勢，並得到了康熙的信任和尊重。
此外，該劇還涉及到一些宮廷禮儀、服飾、器物等方面的細節，展現了清朝宮廷文化的一些特點。
因此，《深宮諜影》是一部以宮廷爭鬥為主題的電視劇，通過講述康熙晚期的宮廷爭鬥故事，展現了清朝宮廷文化的一些特點，同時也探討了權力、親情、信任等主題。