港鐵的逾時收費規定如下：
20分鐘內原站出入：如果乘客入閘後，在20分鐘內在原站出閘，需要支付當時最低額的成人或特惠單程車費，即成人$3.8，小童$1.5，長者$1.5。
超過20分鐘但少於2.5小時(150分鐘)原站出入：如果超過20分鐘但少於150分鐘在原站出閘，成人需支付$10，小童或學生需支付$5，而殘障人士或長者則需支付當時最低額的特惠單程車費，即$1.5。
超過2.5小時(150分鐘)原站或另一站出入：如果乘客入閘後逗留超過150分鐘，無論是在原站還是在另一個站出閘，需要支付相等於當時最高之成人或特惠單程車費作為附加費，即成人$61.5，小童$30.5，長者$30.5。
港鐵指出，除了路程最遠的數個車程，如落馬洲站往東涌或屯門站等，車程需時約90至100分鐘，絕大部分的港鐵車程均可於90分鐘內完成。港鐵在訂定有關時限時，除了考慮到乘客乘車的需要外，亦已考慮到乘客可能會在已付車費區域內短暫停留或購物，因此將時間訂於150分鐘。