根據提供的信息，漆黑的魅影5.0二周目的攻略流程如下：
在遊戲開始時，選擇跳過動畫並回到家裡。
下樓後，爸爸會給你一張船票。
爸爸離開後，會接到米可利的電話，告知你需要去找其他冠軍的秘密基地。
隨後，你會在電視上看到選擇水都的顏色，建議選擇你不喜歡的那個顏色。
出門後，小田卷博士會帶你來到研究所，並升級你的全國圖鑑。
前往水靜市尋找米可利，地點在一周目過不去的那個魅影摩天樓門口。
前往冬雪鎮，在化石迷的家裡可以拿到第二塊化石。
冬雪鎮向左穿過流星瀑布，在洞口內找到小赤和小綠，可以與他們對話並挑戰。
飛到茵郁市，衝浪向下走，找到希羅娜的秘密基地，與希羅娜對話後可以挑戰她。
茵郁市左邊的天氣研究所，到二樓與研究員對話得知某處降雨，然後飛到綠嶺市向下衝浪，潛水進入洞口盡頭可捕捉Lv.70海皇牙。
再次回到天氣研究所與研究員對話，得知某處天氣乾燥，然後飛到冬雪鎮，向左走，這裡多了處洞口，洞穴深處捕捉Lv.70古拉頓。
茵郁市向右下走，這個洞裡找到渡，與他對話可以挑戰。
冬雪鎮向右走，衝上斜坡，這裡找到阿戴克和愛麗絲，與他們對話可以挑戰。
在流星瀑布的大吾在這個多出來的洞內，可以去挑戰。