漆黑魅影二周目的攻略如下：
在二周目開始時，與寶可夢中心的NPC水手對話接取任務，然後前往任務地點擊敗怪物完成任務獲得獎勵。
打敗采幽市聯盟後，前往水靜市上方的魅影摩天樓找米可利，然後去秘密基地與小智、小茂、希羅娜、渡、阿迪克和艾莉絲對話，之後回到摩天樓找米可利，再去精靈聯盟和N對戰，之後會有劇情使主角醒來。
前往103號道路的棉花洞穴打敗副主角，獲得一根羽毛；接著去橙華森林的森之洋館打敗小光，獲得另一根羽毛。
回到夢之實驗室和哈克羅馬對話，然後在實驗室的床上睡覺，選擇去那個綠色的世界，即可開啟二周目。
在二周目開始時可以選擇跳過動畫回到家裡，下樓父親會給你船票。
父親走後，米可利會打電話給你，要你去其他冠軍的秘密基地。
去水靜市找米可利，然後去冬雪鎮拿到樹根化石，冬雪鎮向左穿過流星瀑布可以找到小赤和小綠挑戰。
飛到茵郁市，找到希羅娜的秘密基地與希羅娜對話可以挑戰她。
飛到綠嶺市向下衝浪沿著右邊岩石走，潛水進入洞口，盡頭可捕捉海皇牙。
飛到茵郁市向右走，找到120號道路的洞窟，進去抓Lv.80超夢。
從暮水鎮向右邊沿最底層衝浪，帶上古空棘魚、巨鯨王和會挖洞技能的精靈順著水流來到水域，潛水下去閱讀石板後上浮，對著石壁使用挖洞技能，出現一個洞，進洞後讀兩遍石壁，出現門打開的提示，中間的洞裡是聖柱王。
在古辰鎮右邊的夢之實驗室，進入世界狹縫，選擇左邊的綠色門進入一系列劇情和戰鬥。