《漆黑魅影5.0》的三周目攻略主要包括以下幾個部分：
家中事件。完成二周目後，玩家將自動進入三周目。此時，回到自己的家，但下樓並沒有特別的劇情。
橙華森林探索。進入橙華森林中部，會發現一個新的入口。在這裡，玩家有機會捕捉Lv.30的雪拉比。
世界狹縫之旅。從夢之實驗室可以進入世界狹縫。在最後一個門，玩家將面對挑戰—小智，他的隊伍由Lv.100的天蠍王、赫拉克羅斯、蜥蜴王、噴火龍、皮卡丘和卡比獸組成。
火箭隊再遭遇。再次與火箭隊交鋒，他們的隊伍由Lv.100的梅卡陽瑪、雙彈瓦斯、阿柏怪、大食花、果然翁和海月水母組成。
夢世界之行。進入夢世界後，前往夢源鎮最南部的房子休息。在這裡，有機會捕捉Lv.50的克雷賽利亞。
紅蓮之窟探險。繼續前行進入紅蓮之窟，並向上探索，直到發現新的洞口。在這裡，玩家將有機會捕捉Lv.30的維庫提尼。
此外，三周目中還有一些重要的妖怪位置指南，如NO.001妙蛙種子在101號道路草地，NO.004小火龍在102號道路草地等。